Informations sur la source :

Auteur : Flo

Catégorie : Divers

Niveau : Intermédiaire

Déposé le : 17 Avril 2008 à 15h59

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Alors je vous présente un algorithme performant d'alignement de séquences d'ADN: celui de Needleman-Wunsch.
Je précise tout de suite que même si le but premier de cet algo est d'aligner des séquences de nucléotides (ou d'acides aminés), il est tout à fait concu pour aligner n'importe quelle sequence de caractère pour trouver par exemple les zones modifiées ou autre.
D'ailleurs, l'implémentation que je vous propose tient compte de cette remarque et est totalement conçue dans cette optique là.

Un petit mot sur l'algorithme et son objectif:
le but est de repérer les zones ou les caractères sont les mêmes et d'ajouter des "trous" dans l'une ou l'autre des deux chaînes de manière à ce que le coût total des transformations soit le plus petit possible.
Pour cela, on fourni à l'algorithme une table de substitution qui lui dit par exemple que le remplacement de A par G a un coût de 6. On lui donne aussi les coûts d'insertion des trous dans chacune des deux chaînes.

Pour plus d'infos, quelques liens :
http://interstices.info/jcms/c_10593/alignement-optimal-et-comparaison-de-sequences-genomiques-et-proteiques

et :
http://fr.wikipedia.org/wiki/Needleman-Wunsch

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